فتح برنامج "طوني خليفة" ملف التعذيب والعنف في السجون والنظارات التابعة للمخافر ومراكز التوقيف اللبنانية، وذلك بعد شكاوى عدة عن تعرض مواطنين للضرب والأذى خلال التحقيق.
وقد استضاف البرنامج شقيقة أحد المساجين التي كشفت عن تعرض أخيها للضرب والتعذيب إلى حد فقدانه الذاكرة والإدراك.